从平凡到经典——剧情设定变迁史
企划会议阶段
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在这一阶段，EVA并不是什么“人造的东西”，而是始祖民族所封印的巨大“兵器”，而使徒也不仅是恶魔，同时也是为了破坏EVA而准备的专用生物武器。从这些设定不难看出，曾经参与『风之谷』制作并执导『蓝宝石之谜』的庵野，还是没有摆脱这两部作品的影子，比如高度发达的远古失落文明等科幻动画的典型设定。从这一阶段，很难想象完成后的『新世纪福音战士』会如此复杂晦涩……
世界观的设定
在人类诞生之前曾经两度存在着拥有高度发达科技的史前文明。最早的文明被称为“第一始祖民族”，他们制造了“EVA”，但却被它所毁灭。接下来的“第二始祖民族”制造了“隆基努斯之枪”将EVA封印成功。同时，为了防止有人将EVA复活，在世界各地埋下了被称为“使徒”的对EVA专用武器。使徒们一直沉睡着……
企划书阶段
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世界观的设定
人类作为生物必须进化，为拯救人类进行着“人类补完计划”。而企图阻止该计划的便是神秘的“使徒”。使徒是第一始祖民族遗留在世界各地的沉睡中的生物兵器，共有28个。最早的一个使徒“亚当”于2000年于死海边上被人挖掘出来，但是之后却发生了神秘的突然大爆炸，使得死海全部蒸发（2000年死海蒸发事件）。为了预备接下来可能发生的使徒攻击，人类集结了最精英的技术，利用了亚当的残骸，以全新的骨骼和人工筋肉制作而成“素体”，然后在素体身上搭载了各种装甲和防御装置，并给它安上了从亚当残骸里回收的“阳电子机关”作为动力源。
从相当于TV版的第一话时开始，在“第一次整备计划”的安排下，人类计划制造多台EVA直到5号机，但是4号机因爆炸事故毁灭后，建造计划终止。此外，为次还设置了一系列相关机构。联合国最高理事会下辖“人类补完委员会”，然后其又直接管辖特务机关“Nerv”。“Nerv”专门负责使徒的调查、研究、捕获和歼灭等，号称“对‘第一始祖民族’专门的超法规国际武装集团”。
人物设定（和ＴＶ版不同之处）
碇元渡教授：人工进化研究所所长，人类补完计划提倡者。他执着与自己的研究，深信只要执行了人类补完计划，全人类就可以实现真正的平等，为此他成为了一个不择手段的偏执狂。此外，在EVA初号机中隐藏着碇教授的秘密和真正的目的。
赤木律子：喜欢盆栽和朋克音乐，养猫。
铃原冬治：看起来很像运动系男孩，实际上只是虚张声势。
剧情设定
前往第三新东京路上的真嗣，意外地看到了使徒同EVA零号机的惨烈战斗，然后在美里的帮助下，向着父亲所在的Nerv而去（第一话原名为“再会的人们”）。这个TV中去掉的画面可以在漫画版里看到，漫画第一话中出现使徒和EVA零号机战斗的画面，就是来自于企划阶段。
成长中的真嗣被使徒打败，EVA初号机严重受损。真嗣被困于机体中，饱受绝望的折磨，然后处于无心状态的真嗣，使得EVA初号机以自己的意志破坏使徒，取得阳电子机关并拥有了自我行动和自我意识的能力。（第十三话原名“恐怖后来临的东西”，第十四话原名“致死的疾病，之后”，第十五话原名“真嗣，再一次”）
使徒将真嗣囚禁其中，第一次同使徒对话的真嗣，开始明白使徒的目的（十六话原名“敌人的心中”），以及绫波丽的秘密。然后觉醒后，最强的第12使徒从月球飞来。EVA6号被其连同美国一起蒸发。面对强大的压倒性的力量，人类陷入绝望和无助。（第24话原名，“现在，约定的时刻”）。
为了阻止第12使徒，联合国上层决定放弃人类补完计划，并破坏拥有关键的古代遗迹“Aruka”的研究所，碇元渡极力反对。（第25话原名。“Aruka，约定之地”）。
研究所被破坏，之后的一切仍是悬念（第26话原名：唯一的，高明做法！）
人类补完计划的设定
早半个世纪前通过核聚变得以亲自将“太阳”操纵与手中的人类，紧接着开始了“自行创造完全的人类”的“补完计划”。其目的就是将原本属于神所独占的禁忌的“生命之树之果”通过科学的方法制作出来，使得人类可以战胜死亡、解开人类身上与生俱来的“原罪”并彻底解放全人类。碇元渡相信着通过这一计划，可以让人类走入完全平等和坦诚相对的理想国度。
剧本阶段
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在这一阶段，已经同后来的正式版相当接近了。和企划阶段相比，较大的修改在于——
1、EVA不是由第一始祖民族所早，而是人类根据最早的使徒“亚当”制造。
2、人类补完计划成了主要构想。使徒为了破坏补完计划而攻击人类。
3、EVA初号机中隐藏着碇元渡的秘密。
不过，企划会议上提出的“使徒是散落在各地的远古遗物”的设定，在这一阶段就放弃了，不过，也因为这部分的改动，原先提出的“第一始祖民族”和“第二始祖民族”的关系也发生了改变。之后就没有制造使徒的“第二始祖民族”这个说法了。不过，此时那个古代遗迹“Aruka”仍然存在，而且是故事中的关键。
增加的世界观设定
Seele的登场
加入了在幕后操纵联合国的神秘组织Seele，这个组织也是原先的人类补完委员会的上级机构。该组织此时的名字还是来自一个教派“エツセネ”（Essenes），取自保存死海古卷的犹太教艾赛尼教派（Essenes，该教派公元前2世纪时于死海附近依靠耕种维持生活和宗教活动，其教义的特点是财产公有和独身主义，据说耶稣曾是集中在Mount Carmel的北方团体的成员）。从这个增加的设定可以看出，Seele有着浓厚的宗教背景，相对碇元渡更多着眼于全人类的理想一类，从此就奠定了两者对立的基础——对于Seele来说，去洗脱人类的“原罪”是其使命，但是对碇元渡来说，所谓原罪只是无稽之谈，所以他才会想要独自完成自己的补完计划，也就是“人心的补完”。在基本的第17话曾经有这样的一段话
冬月：“这时艾赛尼也应该在慌忙地更正行动计划。”
元渡：“发生了死海古卷里没有记载的东西，对于老人们来说也算是一剂良药吧。
S2 机关出现
将原来设定的使徒动力来源“阳电子机关”改成了一个新词“S2机关”，此时还是认为使徒的动力之源中存在着“阳电子”。在此说明下，其实“阳电子”还是翻成“正电子”比较合适一些。在剧本版第五话曾有这样的台词：
律子：“果然没错，动力炉和推测的样式‘阳电子机关’。不过其构成物质还无法分析出来，唯一可知的是这是一种未知的纯结晶金属。”
A.T.field出现
作为使徒的重要设定概念的“绝对领域”——A.T.field在这一阶段出现，也就是后来的“心之墙壁”。
绫波丽是克隆人
因为在企划阶段时，绫波丽被设定为一切未知的角色所以没有提及身世，只是设定她的年龄是14岁。而后来第23话中『泪』里的许多台词和设定，在企划阶段都没有。在剧本中，绫波丽在2010年时是5岁，也就是说她出生于2005年——就是在2004年碇唯消失后制作的。然后，在23话中出现了绫波丽的克隆水槽，因此，在此推测是在剧本阶段增加了绫波是克隆人的设定。
主角真嗣的名字中的隐藏含义
真嗣的发音Shinji同“神儿”（神之子）相同。这点可以对应后来真嗣和初号机发动第三次冲击时的仪式看出，初号机被刺如隆基努斯之枪，化为生命之树。
在剧本版第２１话中有这样的台词：
Seele：“不可以让那个男孩——碇的儿子成为神之子啊！”
“Core”的特殊意义
在剧本版中，使徒和EVA的“核心”增加了新的意义：作为机体的“自我”而存在。
“Core”的特殊意义
在剧本版中，使徒和EVA的“核心”增加了新的意义：作为机体的“自我”而存在。
在剧本版第20话中有这样的台词：
律子：“初号机的核……那就是初号机的自我意识，她的自我终于觉醒了。果然她要带走真嗣了啊……”
修改的设定
1、死海蒸发事件改成了发生在南极的第二次冲击。随着这样的修改，也出现了“第一次冲击”的概念。当然，死海古卷的设定还是保留了下来。
2、删除了真嗣被使徒抓获后进行对话的情节，改成了真嗣和心中的自我进行对话的。随之删除的，还有使徒对真嗣所说的有关自己的目的的那一部分。
3、原本在企划阶段，第25和26话将是联合国高层放弃同使徒作战后，下令联合国军向Nerv发动进攻。但是最后播放的剧本，修改成了我们所熟悉的真嗣自我内心世界的描写。不过，因为TV版最后的一些修改，在TV放映过程中完成的剧场版第25话剧本，改成了Seele指使联合国军向Nerv进攻。
实际上，在企划阶段的这场残酷的战斗，原本是联合国高层想要破坏Nerv总部设施以及古代遗迹“Aruka”。因为这个遗迹的设定已经去掉了，后来的剧本就改成了由Seele发动的对Nerv全体职员的屠杀，以及夺取总部设施。这里主要的不同之处就是作战目的：从“破坏所有设施”改为“杀死所有人夺取设施”。
4、企划书上的“第一始祖民族”改成了“第一先住民族”。因为一修改，制造使徒的不再是人类的祖先，而是和人类不同的异种族生命。此外，使徒作为远古留下的遗物已经不再被明确的提及，关于古代遗迹“Aruka”的说法也渐渐从设定之中消失了。在剧本版的第21话中曾有这样的台词：
美里：“使徒并不是第一先住民族留下的战士兵器，这个应该很清楚吧。”
5、4号机在爆炸中化为灰烬，以及6号机所在的美国大陆被12使徒蒸发的情节合在一集中。然后4号机的故事修改成了在S2机关搭载实验中被狄拉克之海所吞没。
6、在剧本阶段开始出现了有关“亚当计划”的开始阶段相关的台词。剧本版第21话有这样的台词：
碇元渡：“从今天开始推行新的计划，已经向基尔议长提出了议案。这个计划同E计划不一样，是我们自主的亚当复活计划。”
冬月：“也就是亚当计划啊。”
7、在企划阶段中，原本EVA是无法战胜从月面降临的第12使徒的，但是剧本版中改成了将所有使徒成功打倒。
剧情的修改
1、第一话中零号机同使徒的战斗被删掉。
2、铃原东治留下了关于他实际不擅长体育的这一点设定。
3、律子喜欢猫的设定保留了，但是关于
